在比较南开大学和天津大学经济系研究生的考试难度时，首先需要认识到南开大学的声望较高，其录取分数线通常较高，除非考生有熟识的教师推荐。天津大学作为一所工科院校，更注重实践操作能力，因此其经济系近年来的录取分数线呈现上升趋势。

若考虑报考南开大学，初试和复试都至关重要。对于非天大或南开背景的学生而言，复试阶段将面临较大挑战，每年都有大量考生落榜，因为许多来自上交或浙大的优秀生选择南开或天大作为备选。

个人建议倾向于选择南开大学。然而，天津大学的教师可能更注重个人发挥，因此在考试中灵活性较高。