深圳清华大学研究院与深圳清华大学研究生院在定位与功能上存在着差异。深圳清华大学研究院，作为清华大学与深圳市共同创建的高级人才培养与科技创新基地，直接隶属清华大学，是清华大学唯一在异地设立的办学机构，扮演着推动教育改革与创建世界顶尖大学的重要角色。

深圳清华大学研究生院在学科设置上划分为生命与健康学部、能源与环境学部、信息科学与技术学部、物流与交通学部、先进制造学部、海洋科学与技术学部、社会科学与管理学部等多个学部，提供全方位、多元化的学术研究与教育。其学生教育体系与本部保持一致，毕业证书等同于清华大学本部，享有深圳市政府提供的各项优惠政策，其待遇通常比北京本部更为优厚。

综上所述，尽管两者在名称上相似，但深圳清华大学研究院与深圳清华大学研究生院在职能、学科设置与学生待遇等方面存在明显区别。深圳清华大学研究生院作为清华大学在深的重要组成部分，不仅为学生提供高品质的教育资源，同时也为深圳市乃至国家的科技创新与人才培养做出贡献。