航运学院下设航海技术系、海事管理系、水上交通安全与环境研究中心、船员培训中心航海仿真中心和实验中心，建立了从专科到博士点的完整的教育层次，设有交通信息工程及控制学科博士点、硕士点，航海技术和海事管理两个本科，2007年有本科生和研究生900余人。学院教学科研软硬件设施完备，包括全任务大型船舶操纵模拟室、航海及模拟器室、计算机模拟室、船艺训练室和船员水上训练基地等。

航运学院1996年获“交通信息工程及控制”硕士学位授予权， 2000年获“交通信息工程及控制”博士学位授予权。拥有 “交通运输工程”博士后流动站和“交通运输工程”一级学科博士点，共建“交通运输工程”一级学科博士点和“船舶与海洋环境保护”博士点共2个。2007年有博士生3人、各类硕士生100多人、本科生约1000人，研究生与本科生的比例为1/10。