在选择研究生院时，具体的专业选择是关键因素。河海大学在水利工程、土木工程等领域被认为具有较高的竞争难度。同样，南京理工大学在兵器科学与技术、光学工程、材料学、电子科技等方向也面临较大的挑战。南京农业大学则在生物学、农学领域被认为竞争激烈。综合来看，南京理工大学的学术声誉最高，河海大学次之，而南京农业大学虽然专注于农业领域，但其整体声誉相对较低。

具体到每所学校的难考程度，河海大学的水利工程和土木工程专业被认为竞争较为激烈。南京理工大学在兵器科学与技术、光学工程、材料学以及电子科技等领域也是挑战重重。相比之下，南京农业大学在生物学和农学方面的竞争也相当激烈，尽管它在农业方面的研究享有盛誉，但整体学术声誉上不及前两所高校。

值得注意的是，每所大学的优势学科和研究方向不同，考生在选择时应根据自己的兴趣和职业规划做出决策。河海大学的优势在于其工程技术领域，南京理工大学则在工程技术与科学领域表现出色，而南京农业大学则在农学领域有着深厚的积累。

因此，考生在选择研究生院时，不仅需要考虑学校的整体声誉，还需要结合自己的专业兴趣和职业发展目标。每所学校的难考程度和专业竞争力都是重要的考量因素，希望每位考生都能做出最适合自己的选择。