在中科院知识创新工程三期中，软件研究所专注于计算机科学、计算机软件、计算机应用技术以及信息安全等领域，致力于深化学科方向，优化学科结构，并培育新的增长点。其目标是强化所级调控能力，聚焦于能推动国家软件技术和产业发展的重要方向，以此实现综合优势和规模效益的提升。

在计算机科学与软件理论上，研究团队探索网络软件的形式化方法和算法理论，构建实时并发系统的语义模型及分析验证手段，为国产基础软件平台技术体系和互联网信息处理提供坚实的理论支撑。

基础软件技术与系统方面，他们致力于构建成本效益高的国产基础软件平台技术体系，确保其低成本、高可信度，同时具备网络化和自主开放特性，为我国软件产业和信息化建设提供关键软件基础设施。

信息安全理论、关键技术及应用研究则聚焦于密码算法创新、安全协议的描述与证明，以解决国家信息安全基础设施的核心问题，确保国产基础软件平台技术体系的安全性。

在互联网信息处理领域，团队致力于提升信息交互和处理的用户友好度，开发智能搜索引擎，解决信息获取和使用的效率、精确性和友好性问题。

最后，综合信息系统技术研究则立足于我国未来发展需求，以解决大型复杂综合信息系统中的基础性和关键性技术难题为己任，为国家信息化建设提供强有力的技术支持。