机械工程学院、化工学院、电子工程与光电技术学院、计算机科学与技术学院、经济管理学院、能源与动力工程学院、自动化学院、理学院、外国语学院、人文与社会科学学院、材料科学与工程学院、环境与生物工程学院、设计艺术与传媒学院等13个专业学院，建有研究生院、继续教育学院、国际教育学院，并与合作方联合创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院两个独立学院。