苔菉镇位于福州市连江县境东北黄岐半岛末端，镇驻地苔菉，海拔30米，距县69公里。东北部为北茭海峡，连接罗源湾可门口和三都澳，是闽浙海上主要航道；东南与马祖列岛仅隔4.96海里。