学生档案公章3.5尺寸可以使用。

根据《中华人民共和国档案法》规定，档案管理机构应当在档案文件上盖章，并标明盖章日期。而学生档案作为一种特殊的档案，也需要进行管理和归档。根据教育部的相关规定，学生档案应当由学校负责管理，并在档案材料上加盖学校公章。至于公章的大小，没有具体的规定，因此3.5尺寸的公章也是可以使用的。

虽然公章的大小没有具体的规定，但是在实际操作中，还是需要考虑到公章的清晰度和美观度。