专业型硕士与学术型硕士在考研时所选用的试卷存在明显区别。专业型硕士考试科目为306西医综合，而学术型专业硕士则需选择699科目。

306西医综合试卷具有全国统一性，遵循国家统一考试大纲，由国家统一命题，适用于全国所有考生。与此相似，政治科目亦为全国统考。

相比之下，699科目由学校自行命题，遵循各自制定的大纲，因此，不同学校间试卷存在差异性。学校根据自身的大纲来出题，确保考试内容与教学目标紧密相关。

临床考试内容方面，也有所区别。306西医综合临床考试集中于内科和外科两门学科，而699临床考试则涵盖了诊断学与外科学总论两门课程。

时间维度上，这一区别同样明显。自2016年考研起，306西医综合成为研究生入学考试的必考科目。在2007年之前，该科目满分150分，主要题型为选择题。2007年之后，满分调整为300分，题量增加至180道选择题。