新蔡县水利局根据职责设置了3个业务股室与1个综合性办公室。该局内部机构配置体现了其在水资源管理、行政事务、工程建设和农田水利等多方面的专业职能。其中：

办公室（挂财务股牌子）承担着日常行政事务的组织协调，包括文电、会务、机要、档案管理等基础工作。同时，该办公室负责机关综合治理、计划生育工作，并指导本系统计划生育工作，还负责人事管理、劳动保障、教育培训等工作，以及离休退休人员的管理服务。此外，办公室还负责财务管理、机关财务管理工作、全县水利资金监管、水利价格与收费指导、内部审计等财务相关事务。

水政水资源股则负责实施水利行业法律、法规和政策，承担水政监察、水行政执法、涉水违法事件查处及水事纠纷协调工作。此外，该股室还负责水资源的统一规划管理和保护，水资源的取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度的组织实施，以及水资源调查、评价和监测工作。同时，股室还指导水量分配、水功能区划和水资源调度，并监督实施，指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作。

水利工程管理股主要负责水利综合规划、专业规划和专项规划的编制，以及全县水利水电工程年度投资计划的制定。该股室指导全县水利工程建设、质量和水利建设市场的监督管理，参与大中型水利基本建设项目建议书和可行性研究报告的编制、审查申报工作，并负责县管项目设计的审批。股室还负责全县水利综合统计和分析工作，监督实施行业规程规范、技术标准，并组织重点水利工程建设和验收。

农田水利股则组织协调全县农田水利基本建设，指导农村饮水安全、排水、节水灌溉及雨洪资源利用等工程建设与管理。该股室负责全县水井凿井管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设，并承担全县水土流失综合防治工作。股室组织编制水土保持规划并监督实施，监测、预测并公告水土流失情况，并对有关法律、法规的执行情况进行监督。

最后，纪检（监察）机构按相关规定设置，确保内部管理的合规与高效。