中国科学院成立于1949年11月，是中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构以及自然科学与高技术综合研究发展中心。它致力于科学研究、技术创新和科学普及，是中国科学研究的重要力量。

中国社会科学院则是在中国科学院哲学社会科学学部的基础上，于1977年5月建立的，是中国社会科学研究的最高学术机构。它涵盖了经济学、法学、社会学、哲学等多个领域，进行基础理论研究和应用研究。

两院虽都隶属于国务院，但各自独立运作，拥有独立的法人地位。中国科学院主要负责自然科学和高技术的研究，而中国社会科学院则专注于社会科学领域的研究。两院在职能、研究方向和管理模式上都有明显的区别。

在管理结构上，中国科学院和中国社会科学院均设有院务会议、院长办公会议等决策机构。此外，两院还设有相应的研究所、研究中心和实验室，负责具体的研究工作。

由于两院在研究领域和职能上的差异，它们各自独立运作，互不隶属，形成了中国科学研究体系中的两个重要支柱。