北师大珠海分校与北京师范大学在办学层次上存在差异。北师大珠海分校是由北京师范大学与珠海市人民政府共同筹办的独立学院，其招生范围主要在广东省内，属于本科二批A类。相比之下，北京师范大学则隶属于教育部，是中央直管的副部级全国重点大学，享有985和211大学的双重荣誉。

地理位置也是两校的一大区别。北师大珠海分校坐落于珠海市，占地面积达5000亩，而北京师范大学位于北京市海淀区，占地面积大约为50000平方米。从规模上看，北京师范大学的教学设施和资源明显更为丰富。

此外，毕业生的证书也有不同。尽管北师大珠海分校是北师大的一个分校，但其毕业证书上会标注“珠海分校”，而北京师范大学的毕业生则会获得没有分校标注的毕业证书。这种差异反映了两所学校在教育质量和资源分配上的区别。

北师大珠海分校和北京师范大学在办学目标和定位上也有所不同。北师大珠海分校更加注重地方性，服务珠海地区经济发展，而北京师范大学则致力于培养具有国际视野和深厚学术背景的人才。

综合来看，两所学校在办学层次、地理位置、规模、毕业证书等方面都存在显著差异，这些差异反映了它们各自不同的教育理念和发展方向。