暨南大学拥有37个学院与研究生院，以及64个系和19个直属研究院（所）。

截至2019年3月，学院设置包括四海书院国际学院、文学院、外国语学院、新闻与传播学院、艺术学院、经济学院、管理学院、创业学院、公共管理学院、应急管理学院、法学院/知识产权学院、国际关系学院/华侨华人研究院、理工学院、信息科学技术学院/网络空间安全学院、生命科学技术学院、医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、华文学院、人文学院、翻译学院、国际商学院、电气信息学院、深圳旅游学院、教育学院、环境学院、化学与材料学院、力学与建筑学院、护理学院、中医学院，以及暨南大学伯明翰大学联合学院、光子技术研究院、经济与社会研究院。

本科专业共94个，并设有体育部。

学院与专业设置涵盖了文、理、工、经、管、法、医、教育等多个领域，为学生提供了丰富多样的学习与研究机会。