北海市环境保护局的机构设置主要包括以下几个主要部门：

办公室: 负责机关日常运转，如电文处理、会务安排、机要事务、档案管理、安全保密、政务公开、对外接待、绩效考评等。此外，还负责人事管理、机构编制，以及县（区）环保部门领导干部的双重管理工作。负责机关和下属单位的财务审计，以及国有固定资产管理。此外，办公室还承担精神文明建设、社会治安综合治理、党务、群团和计划生育工作，以及市环保委员会办公室的日常事务。

环境影响评价管理科（行政审批办公室）: 负责权限内的规划和政策环境影响评价，处理建设项目环境影响评价文件审批、竣工环保验收等工作。同时，对超标排放、生态破坏严重的区域暂停审批除特定项目外的建设项目。

污染物排放总量控制科: 负责协调主要污染物减排工作，包括总量控制计划的编制和实施、排污许可证的核发、环保目标责任制和考核等工作，以及环境统计和污染源普查的协调。

污染防治科: 制定并执行污染防治制度，负责水体、大气、土壤、噪声等污染防治，参与环境保护规划编制和重大污染事故处理，协调跨区域环境保护事务，监督饮用水水源地保护，指导城市环境综合整治等。

政策法规宣传科: 负责环境保护法规的审核、行政案件审查、行政复议和应诉等工作，监督执法，进行环保宣传教育，以及环保系统和企业培训。

监察室: 作为市监察机关派出机构，负责环境保护部门的监察工作。

在县区层面，如海城区、银海区和铁山港区环境保护分局，主要职能是负责各自辖区内的环境保护监督管理工作。