遵义医学院本部是更好的选择。

首先，遵义医学院的本部位于贵州省遵义市，而珠海校区则位于广东省珠海市。两校区之间的地理位置相距较远，这可能给学生的学习和生活带来不便。

其次，虽然两校区在专业设置上可能有所差异，主要根据当地的医疗需求和发展方向进行调整，但遵义医学院作为主校区，可能在专业设置上更为全面，能够更好地满足不同学生的学习需求。

再者，遵义医学院作为主校区，师资力量更为强大和稳定，拥有更多的教师资源和丰富的教学经验。相比之下，珠海校区可能相对年轻，师资力量可能相对较少。

最后，遵义医学院的主校区可能拥有更完善的教学设施和学习资源，为学生提供更好的学习环境。而珠海校区可能相对较小，学习环境可能会有所差异。