南通职大和南通工程职业学院各有利弊，选择应基于个人需求。

南通职大作为综合性大学，设有多学院，教学力量雄厚，拥有众多优秀教师和先进设施。适合追求深入学术研究或高水平学习的学员。

南通工程职业学院则侧重职业教育，专注于培养实践技能。开设有如机电一体化技术、数控技术等实用专业，适合快速掌握技能、寻求快速就业的学员。

因此，选择时应明确自身目标，如欲深入某一领域或追求学术，南通职大是理想之选；若追求技能快速提升、迅速就业，则南通工程职业学院更适合。