上海交通大学医学院隶属上海交通大学，与教育部、国家卫生健康委员会及上海市人民政府共建，位于“211工程”与“985工程”内，是首批卓越医生教育培养计划试点高校。医学院是基础医学类教学指导委员会主任委员单位，口腔医学类教学指导委员会副主任委员单位，国家级临床技能实验示范中心学科组长单位，上海市卓越医学教育计划的组长单位。

医学院致力于国际交流，深化国际合作，提升医学教育的国际化水平。与21个国家和地区的64所大学与科研机构建立了广泛的合作关系。医学院加强与世界顶级大学的科研合作，成立了上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心，并与英国爱丁堡大学联合建立全健康研究中心。医学院的本科生境外游学比例达到50.4%，参与了约50个海外游学项目。

医学院科研基地与平台建设成果显著。拥有1个国家重大科技基础设施（转化医学国家重大科技基础设施（上海）项目）、2个国家重点实验室、1个国家工程研究中心、1个国家国际科技合作基地、2个教育部重点实验室、1个教育部工程研究中心、4个国家卫生健康委员会重点实验室、25个上海市重点实验室、8个上海工程技术研究中心以及2个上海市工程研究中心。医学院的知识服务平台——转化医学协同创新中心，初步实现了产学研良性互动及转化平台的建设。