贵阳医学院与神奇民族医药学院之间存在一种特殊的联办关系。神奇民族医药学院属于三本院校，它是贵阳医学院与神奇民族医药集团合作创办的。然而，由于神奇集团的校舍尚未建设完成，目前神奇民族医药学院的学生都暂时寄宿在贵阳医学院的本部。预计在未来一到两年内，两校将会进行分离。

在现阶段，选择神奇民族医药学院的学生在学习和生活上享受到的待遇与贵阳医学院二本学生完全相同。唯一的区别在于毕业时，神奇民族医药学院的毕业生会获得印有贵阳医学院神奇民族医药学院字样的毕业证书，但这并不会影响国家对学历的认可，毕业生可以通过教育部学历查询系统验证其学历的真实性。

除此之外，两校之间的其他差异几乎可以忽略不计。无论是在师资力量、课程设置还是教学资源上，神奇民族医药学院的学生都能享受到与贵阳医学院同等水平的教育资源。

随着神奇集团新校舍的建设完成，贵阳医学院神奇民族医药学院将与贵阳医学院本部实现完全分离，学生将有机会在新校舍中继续他们的学业，享受更加独立和完整的教育环境。

总体而言，贵阳医学院与神奇民族医药学院之间的合作关系紧密，但在未来，随着校舍建设的推进，两校之间的界限将更加明确，为学生提供更加丰富的教育选择。