自考本科毕业生的档案通常存放在申请毕业证的招生考试办公室或高校自考办。考生在毕业审核通过并且证书电子注册成功后，可以携带本人身份证前往申请办理毕业证的相应机构领取毕业证书和学籍档案，学籍档案包括《四川省高等教育自学考试毕业生登记表》和《四川省高等教育自学考试毕业生学籍表》。如果考生的毕业审核未通过，将领取到一份《毕业申请未通过通知单》。

毕业生必须特别注意的是，毕业证书和学籍档案在颁发时是一次性进行的，一旦遗失将不再补发，因此建议妥善保管。

对于那些没有在规定时间内领取毕业证书和学籍档案的考生，部分招生考试办公室或高校自考办会提供保管服务，考生可以在规定时间内前往领取。

此外，毕业生应当定期检查档案存放的机构，确保档案安全。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，可以联系相关的招生考试办公室或高校自考办。