安徽农业大学动物科技学院，其历史可追溯至1958年成立的安徽农学院畜牧兽医系。1994年，该系进行调整，更名为畜牧水产学院。到了2004年，学院再次改名，正式定名为动物科技学院。

学院学科布局全面，专业结构合理，设有动物科学系、动物医学系以及水产养殖系三个教学单位，提供动物科学、动物医学和水产养殖三个本科专业。学院还拥有一个动物遗传育种与繁殖博士点，以及畜牧学和兽医学两个一级学科硕士点，包括五个二级学科硕士点和两个专业学位硕士点。学院在学科建设上成绩显著，畜牧学被评为省级A类学科，水产养殖和动物医学为省级重点学科，并拥有一个国家级示范专业。