在山东高考成绩为540分时，可考虑以下几所二本医学院校作为选择：

青岛科技大学，位于山东，其医学院在二本院校中颇具实力，能够提供专业医学教育，培养未来医疗行业的专业人才。

曲阜师范大学，这所学校虽然以师范教育为主，但其医学院也颇具特色，注重理论与实践结合，为学生提供良好的学习环境。

烟台大学的医学院在二本院校中亦有一定竞争力，注重培养学生的实践能力和创新能力，为医学行业输送合格的专业人才。

青岛理工大学虽以工科为主，但其医学院也逐渐发展起来，为学生提供了良好的医学教育。

山东财经大学，这所学校主要以财经教育为主，医学院则是其特色之一，提供医学教育，为学生提供多学科交叉的视角。

山东中医药大学作为一所专注于中医药教育的院校，在540分的分数段，可以考虑其医学院，专业性强，注重中医学理论与实践的结合。

聊城大学的医学院，虽规模相对较小，但其在二本院校中也具有一定的特色和优势，提供医学教育，适合对医学有兴趣的学生。