1985年4月，经省市主管部门批准，将三中改建为“湖州市中等专业学校”，实行“三副班子，三块牌子”的管理体制。1990年暑期，湖州中专独立办学，另择校舍，与三中分离。同年，“湖州环城高级职业中学”并入湖州职中，更名为“湖州市第一高级职业中学”，发展规模为12个班，与湖州三中一起，实行“一副班子，两块牌子”的管理体制。

2001年暑期，该市进行学校布局调整，理顺学校体制，实行初高中分离，湖州市第一职高又与市工业设计学校合并，从三中迁出。湖州三中又重新组建领导班子，实行纯初级中学的管理体制。