新校区。根据徐州医科大学官网查询，徐州医科大学共有两个校区，分别是新校区和旧校区。大一新生会在新校区上课，也就是位于徐州市江苏路209号的新校区。这里设有大部分的教学楼、实验室、图书馆、学生宿舍等学校基本设施。因此，徐州医科大学大一学生在上课期间主要会在新校区上课。