海军学院下设军事教育教研部、学院办公室和国防生工作部等基层单位。海军学院党委下设教工党总支委员会、国防生党总支委员会。

海军学院为全校学生开设了“军事理论”、“学生军训”等公共必修课；为学有余力的学生开设了第二专业——“军事指挥与管理”；为全校学生开设了“孙子兵法”、“领导艺术”、“初级指挥”、“飞机与战争”等选修课；为国防生开设了“军人心理健康”、“军队基层政治工作”、“军事法概论”、“军人职业教育”、“国防建设”、“军事思想”、“战略环境”、“信息技术与信息化战争”、“军队基层管理理论”、“军队基层文化工作”、“外军知识”、“台军基本情况”、“军事地形学”、“航空概论”、“舰船知识”等课程。

学校武装部被南昌市政府、南昌警备区树为“基层达标先进单位”、“人防工程管理维护先进达标单位”、“人民防空工作先进单位”，被江西省人民政府树为“拥军优属先进单位”，被教育部、总参谋部、总政治部树为“全国学生军训工作先进单位”。