1977年12月12日，学院的前身--“中国人民解放军海军第二水面舰艇学校”正式组建，定点于广州市石井镇（原南海舰队石井军械库库址），占地面积528亩，行使军级权限，直属海军领导。1983年，校名改为中国人民解放军海军水面舰艇学校，1986年6月9日，学院更名为“中国人民解放军海军广州舰艇学院”。2004年6月18日，根据中央军委命令，原“海军广州舰艇学院”更名为“海军兵种指挥学院”。更名后的海军兵种指挥学院将由原来的学历教育转型为军事任职教育，由原来培养单一水面舰艇指挥员转型为培养知识复合、经历复合、能力复合的高素质海军多兵种战术中级指挥人才。为此，学院重新建立了一支以精通海军诸兵种战术为主的复合型教员队伍，创建了一整套具有硕士研究生教育水平的学科专业体系，以科学的发展观加强了教学科研硬件建设，培养了一批信息化知识型人才，顺利实现了由培养操作技能型人才向复合创新型人才的转变。