南通大学杏林学院日语专业在启东校区。南通大学杏林学院日语专业在启东校区的原因：

1、南通大学杏林学院位于南通市启东市南海路1号，启东校区是杏林学院的一个校区，因此日语专业很也在启东校区。

2、南通大学是一所综合性大学，拥有多个校区和学院，而杏林学院是南通大学和启东市合作举办的一所独立学院，因此杏林学院的日语专业也设置在南通大学启东校区的范围内。综上所述，南通大学杏林学院日语专业在启东校区的原因是由于学校和学院的地理位置以及南通大学和启东市的合作关系。