专业分别是：中药学、中医学、中西医结合、药学、针灸学、智能中医药工程。

国家中医药管理局高水平中医药重点学科6个，分别是：中医基础理论、药用植物学、中药化学、中西医结合临床、中医老年医学、中医痹病学。

安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。

1959年，正式获批成立安徽中医学院。

1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。

1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。

2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。

2011年，获批在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。

2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。