玉溪宫的建筑设计极具特色，整体分为三个主要部分：殿堂、丹房以及相应的配套设施。

在殿堂部分，玉溪宫拥有众多神圣的殿宇，包括三清大殿，象征着道教的最高神祇；西王母殿，代表着西方极乐世界的女神；玉皇殿，是道教中天庭的主宰；轩辕黄帝殿，体现了中华民族的始祖精神；三官殿，代表了道教中的三官神；观音殿，供奉慈悲的观音菩萨；斗姆殿，是北斗星君的居所；救苦殿，专为解救苦难而设立；大真人府，是道家高人的修行场所；以及九层文昌阁，寓意着文运昌盛。

配套设施方面，玉溪宫设有南北礼宾厅，用于接待和礼仪活动；斋堂，供信徒斋戒和静思；讲经楼，是进行宗教讲解和学术交流的地方；办公区，为日常管理和行政事务提供空间；养生院，体现了对健康养生的重视；而老子道德慈善会，则是一个致力于推广道德理念和慈善事业的机构。