通州运河中学东校区和西校区是同一所学校的不同校区，它们之间存在一定的差异。

首先，位置上的差异是显而易见的，两校区分别坐落于通州区的东、西两个不同区域。这种地理位置的不同，不仅影响到师生的交通便利性，还可能带来周边环境和社区资源的差异，进而影响到学校的生活氛围。

其次，规模和设施方面也有所区别。东校区和西校区的校园面积、教学楼、实验室、图书馆以及运动场等硬件设施可能存在差异，这可能会影响到学生的学习体验和生活条件。

再者，专业设置方面，由于东校区和西校区拥有不同的教学资源和师资力量，所以在专业设置上可能会有所不同。例如，某个校区可能更加注重某一学科或专业的培养和发展。

最后，学生分布也是两校区的一大区别。由于地理位置和规模的不同，东校区和西校区的学生分布也有所不同。例如，某个校区可能拥有更多的初中生或高中生，而另一个校区则可能有更多的国际学生。

需要注意的是，以上所述仅为可能存在的差异，具体情况还需查询学校官方网站或咨询学校相关部门，以获取最准确和最新的信息。