南京晓庄学院的方山校区与莫愁校区在地理位置、基础设施及住宿条件上存在显著差异。

地理位置上，方山校区位于南京市江宁区弘景大道3601号，靠近市中心，交通较为便利，便于学生日常出行和参与校外活动。而莫愁校区则坐落在南京市建邺区北圩路41号，地处城市的不同区域，可能相对偏远一些，交通便捷程度稍逊于方山校区。

基础设施方面，作为新校区，方山校区的设施更为现代化和完善。全校范围内覆盖了wifi，为学生的学习和生活提供了极大的便利。此外，方山校区还拥有先进的教学设施和设备，如教学楼、实验楼、图书馆、体育馆等一应俱全，能够满足学生的多样化需求。相比之下，莫愁校区虽然也提供网络环境，但在网络覆盖和设施更新方面可能稍逊一筹，整体基础设施水平不如方山校区先进。

住宿条件上，两个校区的差异更为明显。方山校区的住宿环境相对较好，宿舍内配备有空调和独立卫生间，为学生提供了更为舒适和私密的居住空间。此外，方山校区主要以四人间为主，居住条件较为优越。而莫愁校区的住宿条件则可能较为简陋，部分宿舍内可能没有空调和独立卫生间，而是使用公共卫生间，且宿舍类型可能包括四人间、六人间甚至八人间，居住密度相对较高，舒适度相对较低。

综上所述，南京晓庄学院的方山校区与莫愁校区在地理位置、基础设施及住宿条件等方面均存在明显区别。学生在选择校区时，可以根据自己的实际需求和偏好进行综合考虑。