南昌工程学院的水利水电工程专业在全国排名中位列第11位，并在江西省本科专业综合评价中占据首位。该专业不仅是国家级一流专业，还被列为国家级特色专业和教育部卓越工程师教育培养计划专业。此外，它还是省级专业综合改革试点项目，以及江西省卓越工程师教育培养计划专业。该专业的水利工程方向被列为江西省高校一流学科，而南昌工程学院则在江西省水利工程学科联盟中担任牵头角色。

土木工程专业在江西省本科专业综合评价中排名第二，被认定为省级一流专业、省级特色专业及江西省卓越工程师教育培养计划专业。此专业在教学与科研方面取得了显著成绩，为地方建设提供了强有力的技术支持。

电气工程及其自动化专业同样享有省级一流专业的称号，被列为省级特色专业及省级专业综合改革试点项目。该专业的教学质量得到了广泛认可，其专业排名在江西省本科专业综合评价中位列第三。

机械设计制造及自动化专业作为学校重点建设专业，其机械电子工程方向被列为江西省高校十二五重点学科，机械工程也是学校的重点建设学科。该专业在教学与科研方面表现突出，为学生提供了丰富的实践机会。

计算机类专业同样被列为教育部卓越工程师教育培养计划专业、省级一流专业、省级特色专业以及江西省卓越工程师教育培养计划专业，专业排名在江西省本科专业综合评价中位列第三。该专业的教学与科研工作得到了广泛认可。

审计学专业是学校的重点建设专业之一，同时也是学校硕士研究生培养方向之一，为学生提供了进一步深造的机会。