在单纯医学学科领域，南京医科大学显得更为出色。根据教育部的第四轮学科评估结果，南京医科大学在医学类学科中表现优异，尤其在公共卫生与预防医学方面，它拥有显著的优势，被认为是学校的王牌学科。这一优势在第二轮的一流学科建设中得到了进一步的体现，南京医科大学的公共卫生与预防医学学科入选了国家的一流学科建设名单。

相比之下，南京大学医学院虽然也有一定的学术研究实力，但在医学学科上的突出表现不如南京医科大学。南京大学医学院的研究方向涵盖了基础医学、临床医学等多个领域，但其在医学类学科的整体评价和影响力方面，似乎略逊一筹。

尽管南京大学医学院在其他学科领域如生命科学、生物技术等方面也有很强的实力，但在医学这一特定领域，南京医科大学的表现更为突出。

南京医科大学的优势不仅体现在学科评估结果上，更在于其长期积累的学术传统和丰富的临床资源。学校拥有一支高水平的教学和科研队伍，以及与多家知名医院的合作关系，这为学生提供了优质的教育资源和实习机会。

而南京大学医学院虽然也有一定的学术积累和研究实力，但在医学学科的深度和广度上，可能不如南京医科大学。南京大学医学院的医学教育更注重理论与实践相结合，为学生提供了全面的医学知识和技能训练。

综上所述，在医学学科领域，南京医科大学无疑是一个更值得选择的学校。它不仅在学科评估中表现优异，还拥有丰富的学术资源和临床实践机会，为学生提供了全面的医学教育。