南京大学研究生奖学金覆盖率在98%左右，全日制研究生享有学业奖学金（0.6万元至1.2万元/年），以及助学金（0.6万元/年）。优秀硕士生有资格申请国家奖学金（2万元/人）、校长奖学金以及其他冠名奖学金。

非全日制研究生则不享受助学金、学业奖学金和国家奖学金。南京大学还设有校内研究生“三助一辅”岗位和多种创新项目资助。全日制研究生可以申请国家信用助学贷款，包括国家开发银行生源地信用助学贷款和中国银行校园地信用助学贷款。

南京大学研究生奖学金制度的奖助金等级，依据研究生入学考试成绩而定。推荐免试入学的同学可能获得高于学费的奖助学金，入学成绩优秀的同学也可能获得同样待遇。其他同学则根据考研成绩获得相应不同等级的奖助学金。

南京大学研究生奖学金制度包括国家奖学金、励志奖学金及各大院校奖学金、私人助学奖学金等。奖学金金额因院校而异。