云南大学的王牌专业有国家级重点专业（民族学、生态学）；国家基础学科人才培养基地（历史学、数理基础科学、生物科学、生物技术）；与中科院合办的菁英班（天文学、生态学、生物科学、大气科学、地球物理学、地质学）；卓越人才培养计划（法学、软件工程、网络工程、制药工程、物联网工程、城乡规划、电子信息工程、信息安全、新闻学、物流管理、数字媒体技术、计算机科学与技术）；国家级特色专业（环境科学、化学、公共事业管理、计算机科学与技术、汉语言文学、国际经济与贸易、政治学与行政学、大气科学、生态学、新闻学、网络工程、旅游管理）；省级特色专业（经济学、数理基础科学、信息安全、英语、民族学、金融学、行政管理、法学、制药工程）等。