石河子大学拥有多个学院，涵盖了广泛的学科领域。经济与管理学院专注于商业管理教育；政法学院则致力于法律和政治学科的研究与教学；马克思主义学院致力于马克思主义理论的学习和传播；商学院培养商业精英；体育学院注重体育教育和训练；文学艺术学院则培养学生在文学和艺术领域的才能；师范学院致力于师范教育；外国语学院则侧重于外语教学与研究。

此外，石河子大学还设有兵团教育学院，专注于兵团教育事业；理学院进行理科领域的科学研究与教育；生命科学学院致力于生命科学的研究与应用；机械电气工程学院培养工程领域的专业人才；食品学院专注于食品科学与技术的研究；信息科学与技术学院致力于信息技术的教育与研究；水利建筑工程学院则专注于水利和建筑工程的专业教育。

化学化工学院致力于化学和化工领域的研究与教育；医学院培养医学人才；药学院专注于药学研究；动物科技学院致力于动物科学与技术的研究；农学院则专注于农业科学与技术的研究；高职学院培养高级职业技术人才；继续教育学院为在职人员提供继续教育；科技学院致力于科技创新与应用；孔子学院则致力于汉语和中国文化的传播。

这些学院共同构成了石河子大学多元化的教育体系，为学生提供了广泛的学习和发展机会。