广西理科539分的考生在选择学校时，可以考虑以下几个方面：

学校的综合实力：考生可以参考学校的综合实力来决定选择哪所学校。可以查看学校的排名、师资力量、科研成果等方面的信息。一般来说，综合实力较强的学校能够提供更好的教育资源和学习环境。

专业设置：考生可以根据自己的兴趣和志向选择学校的专业设置。可以了解学校的专业优势和特色，选择与自己兴趣和发展方向相符合的专业。同时，还可以了解学校的就业情况，看看毕业生就业率和就业质量如何。

学校地理位置：学校的地理位置也是考生需要考虑的因素之一。可以考虑学校所在城市的发展前景、气候条件、交通便利程度等因素。同时，还可以考虑学校所在地的文化氛围和生活环境是否适合自己。

学校的教育理念和教学模式：可以了解学校的教育理念和教学模式，看看是否与自己的学习方式和需求相契合。一些学校可能注重理论研究，而另一些学校可能更注重实践能力的培养。考生可以根据自己的学习风格和兴趣选择适合的学校。

学校的学费和奖学金政策：学费是考生和家长需要考虑的重要因素之一。可以了解学校的学费标准和奖学金政策，看看是否能够承担学费或者是否有机会获得奖学金来减轻经济压力。

总之，广西理科539分的考生在选择学校时需要综合考虑学校的综合实力、专业设置、地理位置、教育理念和教学模式以及学费和奖学金政策等因素。希望考生能够根据自身情况做出明智的选择，找到适合自己的学校。