吉首大学提供多种住宿选择以满足不同学生需求。其中，八栋学生寝室采用男女混住制度，女生住在4-7层，男生在下三层，每间寝室容纳6人，配备独立阳台、卫生间、书柜、衣柜及电脑桌，费用每人每年900元人民币。

新校的6人间住宿条件相对较好，每人间配有书柜，宿舍设阳台，但阳台和卫生间等设施为共用。张家界校区宿舍条件与新校区相近。

5栋寝室的住宿条件较为简陋，仅女生入住，两室一厅的格局中每间卧室容纳8人，室内仅能放下四张上下铺床，两间卧室共享活动间，即客厅，两间寝室共用一个卫生间，年住宿费为600元人民币。

六栋学生寝室条件较佳，四人一间，六间至十间共享一个大卫生间与洗漱间，每间配备独立阳台，无独立卫生间，设有书柜、衣柜及电脑桌，年住宿费为800-900元人民币。

四栋、三栋和一栋的寝室设计相似，每间容纳6人，四间共用一个卫生间和洗漱间，寝室内设有固定书桌和书架（直接在墙上），除一栋外还有衣柜，年住宿费为每人每年700元。

新校区的女生寝室包括3栋、4栋、5栋学生宿舍以及6栋、8栋学生公寓。

老校的住宿条件较为有限，8人间，没有摆放书籍的地方，每人仅有一小桌。

值得注意的是，在6栋的负一层改建了一层寝室，条件相对艰苦，每大间容纳8人，多间共享卫生间，年住宿费为600元人民币。8栋为男女混住，其余寝室为全女生住宿。