院系公章和学校公章之间存在明显的区别，主要体现在归属、数量及代表方面。

首先，在归属上，院系公章属于各院系所有，而学校公章则归学校所有。

其次，数量上，一个学校可以拥有多个院系公章，而学校公章的数量则限定为一个。

此外，两者的代表行为也有所不同。院系公章代表的是院系的行为，具有法律效力；而学校公章则代表整个学校的行动，同样具备法律效力。

在实际操作中，院系公章通常用于处理与院系相关的事务，如科研项目、教学管理等。而学校公章则主要用于处理学校整体事务，包括但不限于招生、财务、合同签署等。

值得注意的是，尽管两者在功能上有所不同，但它们在法律效力方面是等同的。因此，在正式文件或合同中，使用哪个公章都需谨慎处理，确保符合相关法律法规要求。

另外，由于院系公章代表的是院系的行为，其使用范围相对较小，仅限于院系内部或与院系相关的工作。而学校公章则因其代表整个学校的行为，使用范围更广泛，适用于学校的各类正式活动和对外交往。