毛坦厂中学的报名方式有自主招生和借读两种。对于成绩优异的同学，可以直接通过考试报名。然而，对于分数不够直接报名的学生，需要通过借读方式，即在本地学校挂学籍。特别针对外省考生，建议准备学籍证明。每年中考成绩公布后的第二天，学校开始接收复读生，通常两天内报名即可满额。

2018年，毛坦厂中学发布了复读招生简章，并详细说明了复读费用。遵循“成绩越高，收费越低”的原则，高考分数越高的学生自然享受更低的费用。对于文科生，550分以上需支付2500元，女生则需额外支付300元；理科生则在505分以上，需支付2500元。对于文科生419分以上，理科生349分以上的考生，则需支付高额的38000元。除复读费用外，新生还需支付学杂费4950元/学期（其中按规定可扣减国家规定的初中义务制段学杂费免除部分）、住宿费350元/每学期、代管费280元/每学期。校服费、住宿生活用品费按照招标价格另行收取，保险为自愿参加。