厦门大学拥有四大校区，各具特色。其中，思明校区作为主校区，享有“最美校园”的美誉，主要设有经济学院、管理学院、人文学院、法学院、新闻传播学院、艺术学院、数学学院、化学院等学院，涵盖了从人文社科到自然科学的广泛领域。

翔安校区则专注于工科教育，近年来随着工科类学院的搬迁，学校科研实力进一步增强。校区内设有海洋学院、航空航天学院、能源学院、医学院、药学院、公共卫生学院、生命科学学院、环境生态学院等多个学院，同时建有多个国家级科研平台与实验室，致力于科研创新。

漳州校区面向国际交流与技术人才培养，设有创意与创新学院、国际学院、产业技术研究院、古雷石化研究院、嘉庚学院等，旨在培养具有国际视野和技术专长的人才。

马来西亚分校作为厦门大学的海外校区，独立招生，主要设有人文学院、医学院、经济学院、计算机学院、工学院等，面向马来西亚学生及中国高考考生，促进教育国际化。