三本学校之所以学费高昂，主要原因是它们多为民办高校，缺乏政府财政补贴。与一、二本院校相比，三本院校在教师薪资、教学设施等方面几乎完全依赖自身筹措资金。在没有国家财政支持的情况下，学校的收入来源主要依靠学费等渠道，因此这些开支最终还是由学生承担。

以民办高校为例，这些学校在建设和运营过程中，需要投入大量资金用于购置教学设备、实验室、图书馆等基础设施，以及教师的工资和福利。这些资金主要来自学费收入、社会捐赠以及学校自身经营收入。由于缺乏政府拨款，学校必须通过提高学费来弥补这些开支。

此外，三本院校还面临着激烈的市场竞争，为了吸引学生，它们不得不投入更多资源用于提升教学质量、改善校园环境、丰富课外活动等。这些投入同样需要通过学费来维持。

再者，三本院校通常规模较小，管理和运营成本相对较高。在这样的情况下，学费成为学校维持正常运作的重要资金来源。同时，三本院校的学费标准也受市场需求影响，如果市场需求旺盛，学费可能会相应提高。

综上所述，三本学校的学费高昂主要是由于其缺乏政府补贴，需要通过学费等途径筹集资金，以维持学校的正常运行和持续发展。