该市有6个行政区。

黑河市共辖6个行政区，包括1个市辖区、3个县级市、2个县，分别是爱辉区、北安市、五大连池市、嫩江市、逊克县、孙吴县。

1、爱辉区，隶属于黑龙江省黑河市，地处黑龙江省东北部，小兴安岭北麓，是黑河市委、市政府的所在地，是黑河市的政治、经济、文化、教育、医疗中心。

2、北安市，黑龙江省辖县级市，由黑河市代管，位于黑龙江省中北部、小兴安岭西南麓，市域总面积7149平方千米。

3、五大连池市，隶属于黑龙江省黑河市，地处黑龙江省西北部，黑河市西南部，面积9874平方公里。境内著名景点有五大连池风景区，二龙眼泉，泉湖浴场，龙门石寨，地下冰河。

4、嫩江市，隶属于黑龙江省黑河市，所处黑龙江省西北部，黑河市西部，嫩江市因境内的嫩江而得名，总面积15109.2平方千米。

5、逊克县隶属于黑龙江省黑河市，位于黑龙江省北部边疆，距黑河市区165公里。逊克县面积17344平方公里，境内著名景点有沾河漂流、大平台雾凇风景区。

6、孙吴县隶属于黑龙江省黑河市，位于黑龙江省北部、黑河市中部，全县总面积4318.9平方公里。孙吴县距黑河市区106公里，是黑河市重要的交通枢纽。