车公庙站位于深圳市福田中心区的核心区域，坐落在深南大道与香密湖路立交桥的西边，其设计巧妙地融入了深南大道的中央绿化带中。周边道路丰富，北侧有泰宝农科广场、工商局办公楼、高尔夫大厦等商务建筑，而南侧则有广告大厦和车公庙工业区，凸显了区域的多元功能。

车公庙站本身的结构独特，采用单柱双层双跨和双柱双层三跨的组合，通过暗挖法建设，总建筑面积达到12288平方米。站厅层位于地下一层，是乘客上下车的主要通道，两端则设有管理用房和设备设施。站台层位于地下二层，采用岛式设计，长度为136.5米，乘客可以在此等待列车。车站总长度达到230.5米，充分考虑了人流需求。

在装修设计上，车公庙站融合了现代化城市轨道交通的通用元素，同时结合了车公庙站周边的工业特色，呈现出独特的艺术风格。站内设施完备，站台层至站厅层设有自动扶梯、垂直电梯和楼梯，便于乘客便捷通行。出入口分别对应不同的周边地标，如A出入口靠近财富广场和水上乐园，B出入口则连接农科中心和天主教堂。

在交通便利性方面，车公庙站周边公交线路丰富，包括中巴线路433、434等和大巴线路21、101等，乘客可以方便地换乘出行。此外，车站周边还有多个商务大厦和住宅区，如招商银行大厦、东海花园等，满足了周边居民和商务人士的出行需求。