密云县财政局共有140名员工，设有20个职能科室，包括13个行政科室和7个事业科室。

行政科室包括：办公室、人事科、农业科、预算科、国库科、行政事业科、政府采购办公室、企业科、经济建设科、社保科、会计科、监督检查科、监察科。

事业科室包括：机关事务管理办公室、政府投资项目评审中心、财会培训中心、信息中心、政府采购中心、开发区财政所、绩效评价科。

办公室主要负责机关日常政务、信息收集、调研管理、公文收发、财政宣传、安全保卫等事务，并负责督办重要事项和人大代表议案。

人事科负责局机关的人事管理工作，包括干部队伍建设规划、工作人员考核、任免、调配、奖惩、培训、工资福利等。

预算科负责编制预算草案、预算执行情况报告、预算标准制定、预算审批、预算外资金管理等。

国库科负责预算执行、财政性资金拨付、总预算会计工作、决算汇总编制、预算外资金专户管理、国库集中收付制度推行。

行政事业科负责行政性、事业性经费的财务管理办法制定、支出结构优化、经费开支标准和定额制定、预算执行监督、项目完成后的效益考核等。

社保科负责社会保障制度改革、预算草案编制、预算安排和专项资金支出预算、预算执行监督、社会保障基金收入支出管理、考核等。

农业科负责财政支农政策研究、农业发展规划制定、财政支农资金管理、项目实施监督等。

企业管理科负责本级安排的县级储备粮资金管理、种粮农民补贴资金监督管理、专项资金项目管理、国有资产收益监缴、企业改组改制工作、财务管理制度制定等。

经济建设科负责财政投融资政策研究、投资基本建设项目的财务管理、财政性投资项目资金使用监督、房改工作中的财政管理职能和监督职能、单位住房基金财政管理、土地收益等专项资金收缴、使用和监督、预算执行监督等。

会计科负责会计工作管理、会计法规、准则和制度执行、会计人员业务培训、会计初级职称管理、会计电算化工作指导、会计人员从业资格审查等。

政府采购办公室（控办）负责政府采购政策法规执行、政府采购计划编制、政府采购统计分析、党政机关、财政拨款事业单位汽车定编工作。

监督检查科负责财政收支管理中的重大问题检查、违反财经纪律案件查处、内部各科室预算编制和执行过程中的财政法规、政策和制度执行情况监督、各项监督制度建立和完善、镇、街道、地区办事处财政监督工作指导等。

监察科负责《行政监察法》执行、对检查、监察对象控告及其申诉调查处理、违反党纪政纪案件查处等。

机关事务管理办公室负责单位财务经费、住房公积金、固定资产管理、交通安全宣传、管理、食堂工作人员管理、膳食结构安排、食物中毒预防、爱国卫生运动组织、绿化、美化、净化工作、办公楼、供水、供电、供暖设施管理等。

财会培训中心负责全县财会从业人员短期培训、会计从业资格证书考前辅导、初级职称等培训工作。

信息中心负责计算机信息网络建设和财政信息系统建设、计算机应用指导、信息服务。

政府采购中心接受委托制定投标方案、组织政府采购招投标、政府采购信息库管理、采购信息发布、全过程监督管理等。

绩效评价科负责财政支出绩效评价政策、制度、办法制定、指标体系和评价标准建立、绩效评价组织、县级行政事业单位国有资产监督管理政策、制度、办法制定、清产核资、财产清查、改革方案和措施研究等。

政府投资项目评审中心负责政府投融资项目审核、全过程跟踪审核、招标文件、标底和前期各项费用审核、初步设计评审、招投标及工程采购和财务核查、投资项目前期决策分析及项目建成后效益评价、财政性投资项目监督政策建议提出、社会中介机构聘请等。

开发区财政所负责国家法规、政策执行、经济开发区支持资金审核监督管理、企业注册、税务登记工作、税费征管、国有资产管理和登记、财政财务日常帐表管理、开发区信息资料收集、汇总、报送等。