工程运费应该记入“工程成本”科目。

详细解释如下：

一、工程运费的性质

工程运费是指在工程建设过程中，由于物料、设备等的运输而产生的费用。这些费用是工程项目不可或缺的一部分，直接影响到工程的总成本。

二、会计科目的选择

在会计记账时，为了准确反映工程的实际耗费和成本结构，需要将工程运费记入相应的科目。在大多数情况下，“工程成本”科目是记录这类费用的最佳选择。这不仅有助于清晰地反映工程的经济实质，还有助于后续的成本控制和财务分析。

三、科目记录的重要性

正确记录工程运费至关重要。它有助于企业准确核算工程成本，从而做出更为明智的决策，如定价、盈利预期等。此外，清晰的账目也有助于税务处理，确保符合相关法规要求。

四、实际操作注意事项

在实际操作中，企业应根据自身的会计制度和项目特点，确保工程运费被正确记录。可能需要与供应商、物流部门等合作，确保数据的准确性和完整性。同时，定期进行账目核对和审计，以确保财务信息的可靠性。

综上所述，工程运费应记入“工程成本”科目，这有助于企业准确反映工程实际耗费，做出明智决策，并符合相关法规要求。