制药工程专升本的学生可以优先考虑化学工程与工艺、制药工程等专业。这些专业能够更好地延续和深化他们在制药领域的知识和技能。

除此之外，考生还可以选择其他与制药工程相关的专业，比如生物工程、生物制药、药物制剂等。这些专业不仅能够提供丰富的理论知识，还能结合实践操作，增强学生在制药行业的竞争力。

值得注意的是，考生应避免选择临床医学、中医学、针灸推拿学及护理学、助产学等专业。这些专业的课程设置和培养目标与制药工程有较大差异，不利于专业间的衔接和知识的融会贯通。

在选择专业时，建议考生结合个人兴趣和职业规划，综合考虑课程设置、师资力量、实验条件等因素。同时，可以参考学校的教学计划和就业情况，选择最适合自己的专业。

此外，考生还可以关注一些新兴的交叉学科，如药学与材料科学的结合、药物化学与生物信息学的融合等。这些专业可能会为未来的职业发展提供更多机会。

总之，制药工程专升本的专业选择应当根据个人兴趣和职业规划来决定，同时也要考虑专业的实用性和发展前景。希望每位考生都能找到最适合自己的专业方向。