有差别，而且差别大。根据13年各高校报考简章，

自考本科毕业，是本科学历报考，可以直接考研，受限制少。

专科毕业两年，是以本科同等学力报考，大多数都需要加考课程，而且部分高校限定同等学力只能报考委托培养和自筹经费的研究生。

研究性和学术性是一样的，都是指的学术型硕士。硕士分为学术型和专业型。

学术型硕士，偏重理论和研究，为高校、研究所等机构培养研究人才或教师。

专业型硕士，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才，如工程师、医师等。