昌吉市财政局，作为地方财政管理的重要机构，其内部组织结构严谨、职责明确，主要通过11个职能股（室）来实现财政管理的精细化和专业化。

办公室作为核心协调部门，负责机关日常政务的综合协调，包括重要会议和活动的组织、报告和文件的起草与修改、宣传、信息、文电处理、档案管理和接待工作。同时，该部门还负责政策制度和信息的发布与公告，以及人事劳资和部门后勤保障工作。

综合股则聚焦于财政发展战略、政策研究与制定，包括政府性基金、行政事业性收费管理等。该部门通过参与工资、国有土地和矿产资源有偿使用的政策研究，提出建议，同时负责行政事业性收费、罚没收入和票据的管理。

预算股则直接负责昌吉市财政的部门预算工作，涉及财政管理制度的制定、预算的编制与执行，以及预算执行情况的分析与执行。该部门还负责全市行政性收费和罚没收入的收缴分离、地方财政收入的入库解库，以及国库资金的调度工作。

国库股在政府金库管理制度、预算执行与管理方面发挥关键作用，涉及全市预算执行、部门预算指标管理、总预算会计管理工作，以及财政资金调度与银行开户的管理。

文行股则执行相关财务规则与制度，根据实际情况制定补充办法和支持科教文事业发展的规划。该部门还负责监督部门预算执行、专项资金的跟踪问效与效益考核，以及事业单位收费项目的确定。

经济建设股和引进外资办公室则分别负责管理国债项目资金、国家物资等专项资金，以及国外政府、国际金融组织贷款项目的申报、执行和管理，同时监督外资贷款项目执行情况。

农业股则参与农业改革与发展规划的研究，制定财政支农资金的管理与使用办法，监督农业专项资金的实施，以及农牧企业资产与财务的管理。

社会保障股则负责社会保障制度的执行，编制社会保障预算计划，监督社会保险基金的管理与使用，以及各部门与企业医疗保险、劳动就业财务和资金的管理。

国资股负责企业国有资产的管理与统计评价，清产核资工作，行政事业单位国有资产的管理、权属界定、产权登记、年检工作。

财政监督股负责全市财政系统法制宣传教育与监督检查，财税法规执行情况的监督与重点违反财经纪律案件的查处。

会计管理股依据《中华人民共和国政府会计法》管理与指导全市会计工作，加强会计监督与规范会计行为，组织会计人员的业务培训与资格认证，指导与管理社会审计工作。

支付中心依法行使昌吉市财政直接支付和国库现金管理的职能，承担对全市行政事业单位会计核算与监督检查的责任。

乡镇财政管理局执行国家和自治区有关乡镇财政管理的法律法规与政策，监督和落实中央与自治区补助乡镇及村级专项转移支付资金的分配、使用与管理，推动财政对农民直接补贴制度的改革与完善。

土地储备基金办公室负责土地储备基金的贷款业务、利息偿还、土地储备及开发费用审核、拍卖业务管理与支付，监督土地储备基金的使用。