北京协和医学院作为国家健康委员会直属的高等学府，成立于1917年，至今已有超过百年的历史。其生物学与临床医学等专业均享有盛誉，是医学领域内的佼佼者。

首都医科大学则是北京市的重点高等院校，市属管理。这所大学拥有丰富的临床医学学科资源，以及强大的师资队伍，为学生提供了优质的教学环境。

这两所大学在医学教育方面都积累了丰富的经验，培养了大量优秀的医学人才。北京协和医学院因其悠久的历史和强大的科研实力，在国内享有很高的声誉。而首都医科大学则以其丰富的临床资源和扎实的教学基础，赢得了众多学生的青睐。

选择哪所学校，还需结合个人的兴趣和职业规划。如果对医学研究有浓厚兴趣，希望在未来从事科研工作，北京协和医学院无疑是不错的选择。而如果更倾向于临床实践，希望能直接参与到医疗服务中，首都医科大学将是一个更好的选择。

此外，两所大学的地理位置也值得考虑。北京协和医学院位于北京市中心，交通便利，便于学生参与临床实践。而首都医科大学则坐落于北京市内，同样交通便捷，为学生提供了良好的学习条件。

综上所述，无论是北京协和医学院还是首都医科大学，都是值得选择的优秀医学院校。具体选择哪所大学，还需根据个人的兴趣、职业规划以及地理位置等因素综合考虑。