在职研究生与专业硕士之间的差异主要体现在多个方面。在职研究生是一种报考方式，而专业硕士则是一种具体的学位类型。

培养方式方面，两者也有所不同。在职研究生允许在职人员在工作之余进行学习，而专业硕士则侧重于培养具有深厚理论基础并能适应特定行业或职业的应用型高层次专业人才。

在报名条件上，两者也存在区别。在职研究生对报名者的学历要求较低，如大专及以上学历即可报名，且部分项目不要求特定的工作经验。相比之下，专业硕士的报名门槛较高，通常要求一定的工作经历，并且许多项目还要求获得所在单位或相关部门的批准，甚至需要单位推荐。

报考方法上，两者也有所不同。在职研究生有多种选择，包括非全日制、同等学力申硕、中外合作办学硕士以及高级研修班等。而专业硕士则分为全日制和非全日制两种。

入学方式方面，两者也有显著的差异。在职研究生可以选择先入学后考试，也可以选择先考试后入学；而专业硕士则不论选择全日制还是非全日制，都是先考试后入学。

证书方面，两者也有不同之处。在职研究生可以获取研究生学历证和学位证，也可以仅获得研究生学位证，具体取决于报名方式。而专业硕士无论是在职还是全日制，毕业后都能获得硕士学历证和学位证。

总体而言，两者在性质、培养方式、报名条件、报考方法、入学方式以及证书方面都存在显著差异。